O plano curricular do Mestrado em Engenharia Naval e Oceânica é constituído por um tronco comum e três perfis ou ramos de especialização alternativos em:
• Projeto e Construção Naval,
• Transporte Marítimo e Portos,
• Sistemas Oceânicos.

Independentemente do perfil de especialização escolhido, o ciclo de estudos proporciona um equilíbrio entre formação especializada fornecida por 3 Unidades Curriculares específicas em cada um dos três perfis, e formação genérica na área científica de Engenharia e Arquitetura Naval, fornecida por um conjunto de Unidades Curriculares de tronco comum.